孔府檔案是圍繞孔子直系后裔歷代衍圣公的活動所形成的文書檔案，也是我國現存數量最多、收藏最完整、內容最豐富、涵蓋時間最長（1534—1948年）的私家檔案文獻（總計9021卷30余萬件）。這些檔案先后入選《中國檔案文獻遺產名錄》和《世界記憶亞太地區名錄》。孔府檔案體量巨大，但其已公布部分不足總藏量的1%，絕大部分還“養在深閨人未識”，無法被充分利用。近年來，孔子博物館與曲阜師范大學合作，集中力量開展了孔府檔案散檔整理工作，并對孔府檔案進行數字化建設。國家古籍保護中心和國家圖書館出版社的前期介入，也推動了孔府檔案保護、整理與出版工作的順利開展。孔府檔案的揭示也被納入到“中華古籍保護計劃”框架中。

《孔子博物館藏孔府檔案匯編·明代卷》成書共3冊，另有部分檔案的放大圖組成了1冊附錄。其內容起自明嘉靖十三年至崇禎十七年，分為襲封、宗族、屬員、徭役刑訟、租稅、宮廷、災異、資料文書等九類，記載了有關衍圣公襲封、選官、朝覲、祭祀、修譜、攝族等諸項活動的記錄，涵蓋政治、經濟、科舉、宗族、重大事件、重要典制、著名歷史人物諸多方面，蘊藏著廣泛而豐富的歷史文化信息，對于研究明清以來中國社會變遷具有非常重要的學術價值。